W dużym stopniu, w początkach istnienia państwa francuskiego, duchowieństwo i hierarchia kościelna była uzależniona od władzy świeckiej. Dochodziło pomiędzy tymi grupami do bardzo częstych konfliktów. Królowie Francji byli dla duchownym panami senioralnymi i sprawowali również opiekę nad kościelnymi instytucjami.
Spór o inwestyturę pomiędzy papieżem a cesarzem niemieckim odbił się we Francji bez większego echa. Jednak od tej pory dało się zauważyć silne dążenie duchowieństwa do uniezależnienia się od władzy świeckiej. Konflikt pomiędzy państwem francuskim w osobie króla Filipa IV Pięknego, a Kościołem katolickim reprezentowanym przez papieża Bonifacego VIII, wybuchł w XIII wieku. Bardzo szybko spór o daniny dla papieża, przekształcił się w konflikt pomiędzy władzą świecką i kościelną. Celem papieża stało się pozbawienie korony Filipa IV. W tej rozgrywce liczył na francuskie duchowieństwo. To jednak go zawiodło, bowiem stanęło po stronie francuskiego władcy.
Kolejne zmiany przyniósł wiek XV. Wówczas duchowieństwo francuskie uchwaliło w 1438 r. na zjeździe w Bourges, tzw. sankcję pragmatyczną, która zawierała podstawowe wolności i prawa Kościoła francuskiego. Należały do nich swoboda wyboru biskupów i obsadzanie innych stanowisk kościelnych, bez ingerencji władzy królewskiej, sądownictwo kościelne. W jednym z zapisów wykluczono możliwość wpływu papieża na króla oraz jego urzędników.